Origineel Nike trainingsshirt FC Midtjylland 2016/18

In het eerste seizoen (1999/00) werd meteen de titel behaald met het hoogste puntenaantal ooit en aldus promoveerde Midtjylland naar de hoogste klasse. In 2001 werd de vierde plaats behaald. Sindsdien speelt de club onafgebroken in de SAS Ligaen, uitschieters waren de derde plaatsen in 2002 en 2005 en de bekerfinales in 2003 en 2005. FC Midtjylland werd in het seizoen 2014/15 voor het eerst in de clubhistorie Deens landskampioen. De club onder leiding van hoofdtrainer Glen Riddersholm speelde op 22 mei 2015 met 0-0 gelijk uit bij FC Vestsjaelland en was daardoor drie speelronden voor het einde van de competitie niet meer te achterhalen door eerste achtervolger FC Kopenhagen. In 2017/18 en 2019/20 werd opnieuw de landstitel behaald en kwalificeerde de club zich voor het eerst in de clubhistorie voor de UEFA Champions League. De club kwam terecht in groep D met tegenstanders Ajax, Atalanta Bergamo en Liverpool FC.